Kutatási támogatás vagy megfelelő állásajánlat híján rákényszerültem, hogy feladjam a tudományos pályámat. Továbbra is örülök, ha mások a kutatási eredményeimre építenek.

Kutatási terület:
A matematikai (különösen a valószínűségi) modellezés, sztochasztikus folyamatok, statisztika, gépi tanulás, kémiai reakciókinetika, rendszerbiológia, rendszerelmélet, operációkutatás, és ezek érintkezési felületei. A célom ezek segítségével új számítási módszereket kifejleszteni az élettudományok számára. Szeretném, ha a kutatómunkámnak pozitív társadalmi hatása lenne, és nyitott vagyok érdekes projektötletekkel való megkeresésre, konzultációra (jelenleg szabadúszó alkalmazott matematikusként dolgozom).

Korábbi állások:

• A németországi Freiburgi Egyetemen dolgoztam, ahol a Biológiai Rendszerek Kutatóintézetének (ZBSA) és érintőleg a Matematikai Sztochasztika Tanszéknek voltam munkatársa. Szakmai házigazdám Peter Pfaffelhuber professzor úr volt.
• Freiburgban legutóbb az AXA Kutatási Alap ösztöndíjas posztdoktori kutatója voltam.
• 2016 januárjától júniusig a Matematikai Tudományok Isaac Newton Intézetében (Cambridge, Egyesült Királyság) voltam vendégkutató. (A fizetésemet ezalatt is az AXA Kutatási Alap ösztöndíja biztosította.)
• Freiburgba Humboldt-ösztöndíjas posztdoktori kutatóként érkeztem.
• Előtte pedig a Kaliforniai Egyetem santa barbarai kampuszán, a Gépészmérnöki Tanszéken dolgoztam posztdokként, Mustafa Khammash (Gépészmérnöki Tanszék) és João P. Hespanha (Villamosmérnöki- és Informatikai Tanszék) professzorokkal.

Tanulmányok:

• A doktori disszertációmat 2011 januárjában védtem meg az Oxfordi Egyetemen. A Statisztika Tanszék, illetve a Life Sciences Interface Doctoral Training Centre hallgatója voltam. Kollégiumom a Keble College volt. Témavezetőim Prof. Alison Etheridge (Statisztika Tanszék) és Dr. Antonis Papachristodoulou (Mérnöktudományi Tanszék, Rendszerelméleti Csoport) voltak.
• Matematikus egyetemi oklevelem (alapszak és mesterszak együtt) van az Eötvös Loránd Tudományegyetemről (ELTE), ahol a Matematikai Intézet kurzusaira jártam.

• Szakmai önéletrajz (PDF), szakmai önéletrajz angolul (PDF)
• Hivatkozások a publikációimra, a Google Scholar Citations jóvoltából.

Publikációk -

1. Felix Beck, Bence Mélykúti
   Parameter estimation in a subcritical percolation model with colouring
   Stochastics: An International Journal of Probability and Stochastic Processes, 91(5), 657–694, 2019. Külső link (nyílt hozzáférésű) | PDF | arXiv:1604.08908 [math.ST], 2017. Külső link | Szoftver
2. Bence Mélykúti, Peter Pfaffelhuber
   The stationary distribution of a Markov jump process glued together from two state spaces at two vertices
   Stochastic Models, 31(4), 525-553, 2015. Külső link | PDF | arXiv:1401.6400 [math.PR], 2015. Külső link
3. Bence Mélykúti, João P. Hespanha, Mustafa Khammash
   Equilibrium distributions of simple biochemical reaction systems for time-scale separation in stochastic reaction networks
   Journal of the Royal Society Interface, 11(97), 20140054, 2014. Külső link (nyílt hozzáférésű) | PDF, S1 (PDF), S2 (Mathematica dokumentum), S3 (Mathematica dokumentum)
4. Bence Mélykúti, Kevin Burrage, Konstantinos C. Zygalakis
   Fast stochastic simulation of biochemical reaction systems by alternative formulations of the chemical Langevin equation
   Journal of Chemical Physics, 132, 164109, 2010. Külső link | PDF
5. Bence Mélykúti, Elias August, Antonis Papachristodoulou, Hana El-Samad
   Discriminating between rival biochemical network models: three approaches to optimal experiment design
   BMC Systems Biology, 4:38, 2010. Külső link (nyílt hozzáférésű) | PDF
6. István Miklós, Bence Mélykúti, Krister Swenson
   The metropolized Partial Importance Sampling MCMC mixes slowly on minimum reversal rearrangement paths
   IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 7(4), 763-767, 2010. 1. külső link | 2. külső link

Doktori disszertáció, szakdolgozat és nagyobb munkák -

• Theoretical advances in the modelling and interrogation of biochemical reaction systems: alternative formulations of the chemical Langevin equation and optimal experiment design for model discrimination (PDF) | Külső link
  DPhil (PhD) disszertáció, Oxfordi Egyetem, 2010. Témavezetők: Prof. Alison Etheridge, Dr. Antonis Papachristodoulou.
• Alternative formulations and moment estimates for the chemical Langevin equation (PDF), hibajegyzék fontos javításokkal (PDF), és az alternative formulations részről poszter (PDF)
  Disszertáció a próbaidős kutatódiák státusz DPhil diák státuszra váltására (transzfer riport), 2009. Témavezetők: Prof. Alison Etheridge, Dr. Antonis Papachristodoulou.
• A control theoretical approach to designing optimal experiments in systems biology (PDF)
  Az LSI DTC-ben a nyolchetes őszi projektemről írt dolgozatom, 2007. Témavezető: Dr. Antonis Papachristodoulou.
• Prediction of hematopoietic cell transplantation success from HLA matching (PDF), ugyanerről poszter (PDF)
  Az LSI DTC-ben a nyolchetes nyári projektemről írt dolgozatom, 2007. Témavezető: Prof. Gil McVean.
• The mixing rate of Markov chain Monte Carlo methods and some applications of MCMC simulation in bioinformatics (PDF)
  Szakdolgozat, ELTE matematikus szak, 2006. Témavezető: Dr. Miklós István.

Köszönetnyilvánítás a segítségemért +  -

1. Sebastian Ohse, Melanie Boerries, Hauke Busch
   Blind normalization of public high-throughput databases
   PeerJ Computer Science, 5:e231, 2019. Külső link (nyílt hozzáférésű)
ACKNOWLEDGEMENTS
We thank Bence Mélykúti for comments that improved the manuscript. Melanie Boerries and Hauke Bush are designated equal last authors due to a shared research group at the time of this work.
2. Levente Szántó, Yukang Feng, Fan Zhong, Timo Hees, Evelyne van Ruymbeke, Rolf Mülhaupt, Christian Friedrich
   Ultra-broad molecular weight distribution effects on viscoelastic properties of linear multimodal PE
   Journal of Rheology, 63(5), 773–784, 2019. Külső link
ACKNOWLEDGMENTS
L.Sz., Y.F., F.Z., T.H., R.M., and C.F. are grateful to BMBF for financial support within the CATEFF project. L.Sz. thanks Dr. B. Mélykúti for the valuable discussions. E.V.R. is chercheur qualifie of the Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS).
3. Saul C. Leite, Ruth J. Williams
   A constrained Langevin approximation for chemical reaction networks
   Annals of Applied Probability, 29(3), 1541-1608, 2019. Külső link
Acknowledgments. We are grateful to Paul Dupuis for permitting us to include elements of a private communication with him, relating to a modification of the uniqueness argument given in [5]. We would also like to thank Bence Melykuti for helpful feedback, as well as an Associate Editor and two anonymous referees for constructive comments and suggestions, on the first version of this paper.
4. E. Hingant and R. Yvinec
   Deterministic and stochastic Becker–Döring equations: past and recent mathematical developments
   In: Stochastic processes, multiscale modeling, and numerical methods for computational cellular biology, Ed.: David Holcman, Springer International Publishing, Cham, 2017. Külső link
In fact, the state space X_M is given by all possible partitions of the integer M, a well-known problem in combinatorics. In particular, one can show the recurrence formula and the asymptotic as M → ∞, Flajolet and Sedgewick (2009, Chap. I.3)¹…
¹R. Yvinec thanks Bence Melykuti for pointing out this fact.
5. Manoj Gopalkrishnan
   A scheme for molecular computation of maximum likelihood estimators for log-linear models
   In: DNA computing and molecular programming; 22nd International Conference, DNA 22; Munich, Germany, September 4--8, 2016; Proceedings, 3-18, 2016. Külső link
Acknowledgements
I thank Nick S. Jones, Anne Shiu, Abhishek Behera, Ezra Miller, Thomas Ouldridge, Gheorghe Craciun, and Bence Melykuti for useful discussions.
6. Martin Jansen, Peter Pfaffelhuber
   Stochastic gene expression with delay
   Journal of Theoretical Biology, 364(issue), 355–363, 2015. Külső link
Acknowledgments
We thank Bence Melykuti for helpful comments on the manuscript.
7. J. Goutsias, G. Jenkinson
   Markovian dynamics on complex reaction networks
   Physics Reports, 529(2), 199–264, 2013. Külső link
Acknowledgments
This research was supported in part by the DoD High Performance Computing Modernization Program through the National Defense Science and Engineering Graduate (NDSEG) Fellowship 32 CFR 168a, and in part by the National Science Foundation (NSF) Grants CCF-0849907 and CCF-1217213. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript. The authors are grateful to B. Mélykúti for reading the manuscript and for providing helpful suggestions.
8. Marc Abrahams
   Medics subject Playboy magazine to 'peer review'
   The Guardian, Monday, 29 Oct 2012, 16.30 GMT. Külső link (nyílt hozzáférésű)
(Thanks to Bence Mélykúti for bringing this to my attention.)

Témavezetés -

• Felix Beck
  Parameter estimation in a percolation model with coloring (PDF)
  MSc szintű szakdolgozat matematika szakon, 2015.
• Bernadette (Benny) Lies
  The global attractor conjecture in the chemical reaction network theory (PDF)
  Egyetemi szakdolgozat matematika szakon, 2014.

Szemináriumi munkáim +

• Sztochasztikus programok megoldásai minőségének vizsgálata Monte Carlo-módszeren alapuló technikákkal (PDF)
  A Szimuláció című órán (előadó: Fábián Csaba) 2005. május 10-én tartott előadásom slide-jai. Az előadásomon Wai-Kei Mak, David P. Morton és R. Kevin Wood egy cikkét mutattam be (Operations Research Letters 24, 1999).
• Egy polinomiális, az entrópia-programozási feladatot megoldó algoritmus bemutatása (PDF)
  A Folytonos optimalizálás szemináriumon 2005. április 21-én tartott előadásom slide-jai. Az előadásomon Florian Potra és Yinyu Ye egy cikkét mutattam be (SIAM J. Optimization Vol. 3, No. 4, 1993. november).
• Young-programozás (PDF)
  A Válogatott fejezetek a folytonos optimalizálásból című órán (előadó: Illés Tibor) 2005. április 5-én tartott előadásom slide-jai.

Egyéb -

• A Föld felszínén lévő két pont távolságát kiszámító program
  Hasznos segédeszköz GPS-használóknak.
• Az Erdős-számom 3.
• Transcript, angolul (PDF)
  Az oxfordi Life Sciences Interface Doctoral Training Centre-ben (LSI DTC) szerzett érdemjegyeim, 2006-2007.
• Transcript, nagyobbrészt angolul (PDF)
  Az ELTE matematikus szakán szerzett érdemjegyeim, 2001-2006.
• [Legutóbbi frissítés: 2020. november 12.]
• [Személyes oldalak]